的细小过失事情的责任既然重大，招致怨恨实在多各种有利於边疆的事情，都是不利於自身的况且谋取敌人急，敌人亦从而离间，因此作边疆的大臣很难陛下爱护臣了解臣，臣何必过於疑虑惧怕，但心中有所危惧，不敢不告诉”朱由检发优诏答覆袁崇焕，并赏赐蟒袍玉带、银币，但袁崇焕上疏推不接受辞蟒袍玉带[29]
崇祯二年（1629年），驻守宁远的来自于川、湖等地的士兵因为军饷的事而哗变，袁崇焕用计将其平定而后袁崇焕请求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自驻宁远，同时上书给朱由检极力称赞祖大寿等三人的才能，并说自己五年复辽的计划全靠这三人来实现，如果五年后没有实现，将亲手将这三人斩杀，自己到司法部门领罪服死朱由检加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币[30]
杀毛文龙
崇祯二年（1629年），袁崇焕以东江毛文龙虽然能牵制后金军，但毛文龙耗费的钱粮实在太大，袁崇焕上书请求让朝廷派人来管理毛文龙部的军饷，毛文龙不喜欢有文官监制着自己，于是上书争辩而后毛文龙前来拜谒袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼接待毛文龙，毛文龙也不谦让，袁崇焕于是决定杀掉毛文龙[31]
同年五月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设宴与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有觉察到袁崇焕的来意袁崇焕提议更改军营制度，设置监察官员，毛文龙对此建议感到不高兴，袁崇焕用回乡来打动，毛文龙说：“向来有这个意思，但只有知晓辽东的事务，辽东的事情解决后，朝鲜衰弱，可以袭击占有”袁崇焕对毛文龙的回答感到不高兴[32]
而后袁崇焕邀请毛文龙观看将士射箭，预先在山上设置好帐篷，令参将谢尚政等率兵埋伏在帐外毛文龙到了之后，的部下没能入内袁崇焕说：“早晨就走，担当海外的重托，请受一拜”毛文龙回拜之后俩人开始登山路上袁崇焕问随从官员的姓名，大多都是姓毛的毛文龙说：“这些都是的孙子”袁崇焕笑着说：“们在海外长久劳累，每月禄米只有一斛，说来痛心，也受一拜，请为国家尽力”众人都叩头道谢[33]
袁崇焕接着说几件毛文龙违法做的事，毛文龙与其争辩，袁崇焕厉声斥责毛文龙，下令将毛文龙的冠服去除并捆绑起来，毛文龙表示不服，袁崇焕于是列数毛文龙的十二条罪状，拿出尚方宝剑，将毛文龙斩杀[34]
袁崇焕杀了毛文龙之后，害怕的部下叛变，于是增加们的饷银，但是岛上的人没有主帅，人心背离，难以使用，而后会导致叛离袁崇焕上书给明廷：“东江镇是牵