清初士人的话来说，东林未必都君子，而阉党未必皆小人也，所谓的清除邪恶一方，褒扬良善一方也只能是相对而已两党之间的明争暗斗一直持续到清朝统治初年，一心整饬朝纲的崇祯帝陷入了一场永无休止的战争之中[60]
明朝自万历以来，党争不断，东林党与宣党、昆党、齐党、楚党、浙党之间互相攻击，终于导致天启年间阉党专政的局面朱由检即位之后的首要举措就是清算阉党，但这只能说是第一步，进一步消除党争是更加令人头疼的大事[60]
勤政廉政
据有关史料记载，崇祯帝勤政到为处理公文彻夜不眠一次，他去慈宁宫拜见宫中最有威望的刘太妃（崇祯帝祖母辈）时，竟然坐着睡着了，刘太妃命人拿来锦被给崇祯盖上崇祯醒来后苦涩地说，为处理公文，召见群臣他很少能休息，已经两夜未眠，说罢与刘太妃相对落泪崇祯帝白天在文华殿批阅奏章，接见群臣，晚上则在乾清宫看奏章，遇到军情紧急时便连续几昼夜不能休息[61]
崇祯帝是明朝自太祖以来罕见的勤政之君，除了照例应免日期之外，每日视朝，并参加日讲和经筵一日，他参加日讲时，由于疲惫不堪，随意把脚放到台楞之上当时日讲官文震孟正好讲到《尚书》中“为上者奈何不敬”一句，便抬眼注视皇上翘起的脚，崇祯帝不好意思地以袍袖遮掩，把脚徐徐放下可见，他对日讲也是认真对待，并非敷衍了事[62]崇祯帝上任伊始，发出“文官不爱钱”的号召在随后的日子里，他一直以身作则：当政17年，宫中没有进行任何营建，吃穿俱不讲究
在东北，努尔哈赤在万历年间经过30多年的征战统一了女真族的全部之后正式称汗，建立后金，接着努尔哈赤便开始了对明朝的进攻
崇祯帝启用已经解职回乡的大将袁崇焕出任兵部尚书，督师蓟辽，平息后金叛乱努尔哈赤被袁崇焕用大炮打死后，儿子皇太极继承了他的汗位，但是疑心太重的崇桢帝中了皇太极的反间计，结果是袁崇焕被凌迟处死，然后传首边关示众，尸体被北京民众争买而食，家被抄，但家无余资袁崇焕死后，副将祖大寿闻讯大惊，率领部下毁坏山海关而出，直奔锦州，投奔后金祖大寿给他的外甥吴三桂写了一封招降信，但这时的吴三桂不从祖大寿投降后，崇祯帝派蓟辽总督洪承畴统领吴三桂等八总兵共十三万人前往救援锦州，洪承畴在镇压李自成的征战中，立了大功，但在锦州被围了六个月，食尽，被俘，投降后金，吴三桂逃走锦州之战标志着明朝在辽东防御体系的完全崩溃，在关外只剩下宁远一座孤城
经济
面对内地农民军和边外满洲军的层层逼近，朱由检为了增加朝廷财政收