决斗者王国中的一集）[5]
决斗者王国篇
国际幻象社董事长帕加索斯·j·克罗佛多觊觎海马集团的立体影像技术，想通过收购海马集团得到它qqge◆cc但海马集团董事会的五巨头开出了一个条件，那就是必须打败海马的宿敌游戏qqge◆cc于是帕加索斯用神器「千年眼」的黑暗力量绑架了武藤双六的灵魂，强迫游戏参加自己主办的「决斗者王国」大赛qqge◆cc游戏想救出爷爷，就必须赢得比赛的冠军并打倒帕加索斯qqge◆cc为此游戏一路过关斩将，得以与帕加索斯展开决斗qqge◆cc帕加索斯利用能够看穿对手心理的「千年眼」占据优势，但最后被游戏用人格交替的手法破解qqge◆cc最终游戏仪式召唤出「黑混沌之魔术师」，击破了帕加索斯的终极王牌「千眼纳祭魔」，救出了被帕加索斯封印的灵魂（在漫画中，帕加索斯被暗貘良杀死并夺走千年眼）qqge◆cc[5]
ddd篇
班上新来的转学生御伽龙儿，夺走了游戏的千年积木，要挟游戏用自己开发的新游戏「ddd」龙骰格斗（动画版称为ddm）对决，目的是替因在游戏中输给双六而毁容的父亲报仇qqge◆cc表游戏为了夺回积木而战，并在这场第一次玩的游戏中打倒了御伽qqge◆cc（动画版进行了大量改编，将御伽的战斗理由改为替帕加索斯复仇，而夺走千年积木要挟表游戏则改成为被马利克操控的基斯）[6]
战斗城市篇
暗游戏在美术馆看见了一块刻有自己、海马、青眼白龙、黑魔导的古埃及石板，意识到了自己之所以不知道自己是谁的原因，即为自己的记忆在三千年前也随着自己的灵魂被封印了，他决定寻找自己遗失的最重要的记忆，而这个方法就是集齐由帕加索斯创作的「三幻神」卡qqge◆cc
另一边，守墓一族的传人马利克为了向法老王复仇，组建了稀有卡狩猎集团「古鲁斯」qqge◆cc他的姐姐伊西丝·伊修达尔为了阻止自己的弟弟对法老王展开的复仇，将「三幻神」中的「欧贝利斯克的巨神兵」交给海马，希望他能利用海马集团的力量引出马利克并阻止他的yin谋qqge◆cc海马为了从游戏处夺回「决斗王」的称号，在童实野市举办「决斗都市」大赛qqge◆cc暗游戏与城之内克也等人都参加了比赛qqge◆cc暗游戏击败了使用盗版「艾克佐迪亚」的猎人与同样使用「黑魔术师」的魔术师潘多拉，其后在马利克操控的默剧演员手中夺得了「奥西里斯的天空龙」，并且与海马联手击败了前来袭击的数名「古鲁斯」猎人qqge◆cc
但城之内克也被马利克控制，